Historia wydziału Wydział Prawa Kanonicznego funkcjonuje, realizując właściwe sobie cele, od momentu utworzenia ATK, czyli od listopada 1954 r.
Przed rokiem 1954 Warszawa nie posiadała wyspecjalizowanego studium prawa kanonicznego o randze wydziału, posiadała jednak tradycje kanonistyczne. Mianowicie pierwszym ośrodkiem naukowym Warszawy, w którym wykładano prawo kanoniczne jako osobny przedmiot, było Seminarium Duchowne prowadzone przez Zgromadzenie Misjonarzy Św. Wincentego á Paulo przy kościele Św. Krzyża, początkami sięgające drugiej połowy XVII wieku. Jednakże prawo kanoniczne w tymże Seminarium wykładano wyłącznie kursorycznie, uwzględniając ówczesne potrzeby duszpasterskie.
Pierwszym natomiast zakładem naukowym w Warszawie, w którym wykładano prawo kanoniczne na wzór uniwersytecki, było Kolegium Prawne, założone w 1807 r., które na mocy dekretu księcia warszawskiego Fryderyka Augusta z 1808 r. zostało przekształcone w Szkołę Prawa i Administracji. Szkoła ta następnie została wcielona do Królewskiego Uniwersytetu Warszawskiego, utworzonego w 1816 r. W tymże Uniwersytecie kanonicznie erygowano Wydział Teologiczny (bullą papieża Piusa VII z 3 października 1818 r.), na którym wykładowcami byli także kanoniści. Na mocy breve Apostolicae Sollicitudinis Nostrae z dnia 3 października 1818 r. na tymże wydziale można było ubiegać się o stopnie naukowe doktora teologii i prawa kanonicznego. Kilka lat później, na początku 1823 r. wskutek intryg Nikołaja Nowosilcowa, komisarza cara przy Radzie Stanu Królestwa Polskiego, zawieszono na Wydziale Teologicznym wykłady. Natomiast dla kleryków car Aleksander I dekretem z 11/12 listopada 1823 r. powołał Seminarium Główne, które miało pozostawać pod kierownictwem arcybiskupa i zwierzchnim dozorem Komisji Rządowej Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego. Seminarium Główne przeprowadzało jednak promocje pod patronatem Uniwersytetu. W ramach represji po Powstaniu Listopadowym, zamknięty został w 1831 r. Uniwersytet Warszawski, a wraz z nim również wspomniany Wydział Teologiczny.
Seminarium Główne ukazem carskim Mikołaja I z dnia 4 (16) października 1835 r. zostało przekształcone w Akademię Duchowną Rzymskokatolicką Warszawską. Ta uczelnia teologiczna stała się kontynuatorką zniesionego w 1832 r. Wydziału Teologicznego. Prawo Akademii Duchownej do nadawania stopni naukowych doktora teologii i prawa kanonicznego potwierdził 15 czerwca 1837 r. papież Grzegorz XVI ogłaszając breve Ex proximis litteris, którym dokonał także erekcji kanonicznej uczelni. Warszawska Akademia Duchowna została w 1867 r. zamknięta przez władze carskie, a wykładowców i studentów odesłano do Akademii Duchownej w Petersburgu (uczelni przeniesionej przez cara Mikołaja I w 1842 r. z Wilna, którą nazwał Cesarska Rzymskokatolicka Akademia Kościelna). Zajęcia w Akademii zawieszono wiosną 1918 r.
Natomiast w latach 1862 – 1869 funkcjonowała w Warszawie Szkoła Główna o charakterze uniwersyteckim. Nie posiadała co prawda fakultetu teologicznego, jednakże na Wydziale Prawa i Administracji wykładano prawo kanoniczne. Wydziału Teologicznego nie posiadał natomiast Cesarski Uniwersytet Warszawski utworzony w 1869 r.
W 1915 r. nastąpiła repolonizacja Uniwersytetu Warszawskiego. Dzięki temu mógł wznowić swą działalność także Wydział Teologiczny, który został powołany 10 maja 1918 r. (działalność rozpoczął 18 maja) na mocy rozporządzenia Ministra Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego. Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości na Wydziale Teologii rozpoczęła działalność – obok sekcji teologicznej i filozofii chrześcijańskiej – sekcja prawa kanonicznego. Na mocy dekretu Kongregacji ds. Studiów Uniwersyteckich z dnia 4 kwietnia 1920 r. Wydział Teologii Katolickiej, któremu Stolica Apostolska nadała nazwę Facultas Catholica Scientiarum Ecclesiasticarum, posiadał ius coferendi triplicem lauream. Wydział ten funkcjonował nawet w warunkach konspiracyjnych po zamknięciu Uniwersytetu przez Niemców w latach 1939-1945. Po II wojnie światowej Wydział Teologii Katolickiej rozpoczął działalność jesienią 1945 r.
Należy tutaj dodać, że do 1948 r. także na Wydziale Prawa Uniwersytetu Warszawskiego było wykładane prawo kościelne, jako element tzw. ogólnej formacji prawniczej (od tego czasu do dziś wykładane jest prawo wyznaniowe).
Od 1954 r. historia nauki prawa kanonicznego w Warszawie jest ściśle związana z Wydziałem Prawa Kanonicznego Akademii Teologii Katolickiej. Mianowicie w 1954 r. mocą uchwał Rady Ministrów utworzona została Akademia Teologii Katolickiej. ATK miał trzy wydziały: Teologiczny, Prawa Kanonicznego (ze specjalnością wyłącznie kanoniczną) i Filozofii Chrześcijańskiej. W kwietniu 1958 r., decyzją Kongregacji Seminariów i Uniwersytetów Katolickich, władza nad ATK w zakresie kościelnym zlecona została Prymasowi Polski, ks. kardynałowi Stefanowi Wyszyńskiemu (odtąd Wielkiemu Kanclerzowi ATK). Podkreślić należy, że w roku akademickim 1967/68 uruchomiono na Wydziale Prawa Kanonicznego drugą specjalność: kanoniczno-cywilną. Dnia 12 września 1974 r. na mocy upoważnienia Kongregacji Nauki Katolickiej, Ks. Prymas wydał dekret nadający wszystkim stopniom zdobytym w ATK walor kanoniczny. Natomiast pełny status kanoniczny uczelnia uzyskała mocą dekretu Kongregacji Wychowania Katolickiego z dnia 29 czerwca 1989 r., jako uczelnia państwowa i kościelna.
Od 1 października 1998 r. na Wydziale Prawa Kanonicznego prowadzony był także kierunek studiów prawo. Uchwałą Senatu ATK z 30 kwietnia 1998 r. Wydział Prawa Kanonicznego otrzymał nową nazwę: Wydział Nauk Prawnych – Prawa i Prawa Kanonicznego. W tej formie funkcjonował do końca istnienia ATK, czyli do 30 września 1999 r. Z dniem 1 października 1999 r., mocą ustawy sejmowej z 3 października 1999 r., utworzony został z ATK Uniwersytet Kardynała Stefana Wyszyńskiego. Z kolei dekretem z 28 września 1999 r. Kongregacja Wychowania Katolickiego erygowała w Uniwersytecie trzy wydziały nauk kościelnych: Teologii, Prawa Kanonicznego i Filozofii Chrześcijańskiej. Odtąd ponownie działa samodzielnie Wydział Prawa Kanonicznego z jednym kierunkiem studiów: prawo kanoniczne, który według klasyfikacji nauki polskiej wraz z prawem tworzy nauki prawne.
Należy dodać, że na całym świecie istnieje kilkanaście odrębnych wydziałów prawa kanonicznego, natomiast na wielu wydziałach prawa uniwersytetów w Polsce i za granicą funkcjonują katedry prawa kanonicznego.
Obecnie na Wydziale studentów kształci się na dwóch specjalnościach: administracyjno-sądowej (kanonicznej) i kanoniczno-cywilnej. Studia prowadzone są w formie: studiów stacjonarnych, niestacjonarnych, doktoranckich i podyplomowych. Wydział Prawa Kanonicznego kształci przyszłych specjalistów w zakresie prawa kanonicznego oraz daje podstawowe wykształcenie prawnicze w zakresie prawa polskiego. Zasadniczy trzon przedmiotów wykładanych w ramach specjalności kanoniczno-cywilnej odpowiada dziedzinom wykładanym na innych wydziałach prawa, funkcjonujących na uniwersytetach polskich. Tym samym absolwenci Wydziału Prawa Kanonicznego zdobywają ogólne przygotowanie do wykonywania niektórych zawodów prawniczych. Absolwenci uzyskują tytuł zawodowy magistra prawa kanonicznego w wyżej wymienionych specjalnościach (licencjata w terminologii nauk kościelnych).
Należy też dodać, że Wydział prawie od samego początku swego istnienia posiada uprawnienia do nadawania stopni naukowych: doktora i doktora habilitowanego. Ponadto, na Wydziale wydawane są trzy czasopisma naukowe, ukazujący się od 1958 roku kwartalnik „Prawo Kanoniczne”, wychodzący od 1990 roku rocznik „Ius Matrimoniale” oraz od 2014 r. „Annuarium Iuris Canonici”.